El acuerdo del órgano electoral fue cuestionado mediante un juicio electoral, ante el Tribunal Electoral de Tlaxcala a través de los partidos de la Revolución Democrática (PRD), Alianza Ciudadana (PAC) y Acción Nacional (PAN) , que forman parte de la alianza opositora a Morena denominada «Unidos por Tlaxcala» en compañía del PRI y el PS.
El argumento principal es que los partidos citados no respetaron la Ley General de Partidos Políticos, el cual establece que los partidos de nuevo registro no podrán convenir frentes, coaliciones o fusiones con otro partido político antes de la conclusión de la primera elección federal o local inmediata posterior a su registro según corresponda, figura en la cual están englobados Nueva Alianza y Encuentro Social.